Tutorial Software Avogadro

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

  • Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
  • Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  • Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  • Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  • Embedded interpreter Python.
  • Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  • Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  • Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
  • Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  • Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  • Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

Sumber : https://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/

Aplikasi yang cukup mudah dan ringan cocok untuk menunjang pembelajaran kimia untuk berbagai materi. Aplikasi ini dikembangkan oleh beberapa komunitas, untuk itu disebut Open Source, siapa saja bisa menambah, mengedit,, menginovasi ataupun melaporkan error sehingga dapat diperbaiki untuk lebih baik lagi.

Berikut adalah tata cara penggunaan Aplikasi Avogadro

  1. Pastikan telah membuka aplikasi avogadro di komputer anda
  2. Setelah itu, mari mengenal menu-menu yang ada pada Avogadro

av1

av2

av3

3. Jika backgoud deaflut dengan warna hitam tidak sesuai, makauntuk mempermudah dengan mengubahnya. Caranya View menu >> set backgoud color >> pilih warna yang dikehendaki.

4. Untuk memulai membuat molekul cara pertama adalah mengeklik pada bagian tool setting  >> pilih ball and stick pada display types

5. Misalkan saya akan membuat molekul Pentana (C5H12), Langkah yang dilakukan adalah pada draw setting saya akan memilih atom pusat C, pada bond order pilih single, karena molekul pentana berikatan tunggal. Jangan lupa check pada bagian adjust Hydrogen. Biasanya otomatis akan ditambahkan ketika aplikasi awal dijalankan.

6. Tampilan molekul masih belum sesuai karena sudut ikatannya belum tepat. Untuk mengaturnya klik pada Auto Optimization Setting >> klik Start

7. Jika ingin memodifikasi tampilan molekul yang sudah dibuat, klik pada menu tools setting >> check pada label yang ada di display types untuk memunculkan angka pada setiap atom.

Jika ingin mengunduh Software Avogadro dapat klik di sini.

Tutorial yang saya tuliskan masih sangat sederhana, hanya dasar-dasarnya saja. Di bawah ini ada beberapa tutorial untuk memudahkan Anda.

Berikut adalah video tutorial tentang penggunaan Software Avogadro. Hanya salah satu contoh saja, silahkan bisa dikembangkan sendiri. Semoga bermanfaat :)

Tinggalkan Balasan

Alamat surel Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *

You may use these HTML tags and attributes:

<a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>